石河子大学教务处是负责学校本科教育教学改革、教学基本建设、教学运行等的职能部门。设有教学研究科、教务科、学籍管理科、考试中心、实践教学科（双创中心）、教材科、招生办公室7个业务科室。教务处秉承“遵循教育规律，深化教学改革，创新人才培养模式，严格教学管理，强化服务意识，提高教学质量”的指导思想，提升本科教育内涵建设。
目前教务处通过质量工程项目的持续建设，打造国家级一流课程18门、省级一流本科课程75门，国家级精品课程4门、精品视频公开课3门、精品资源共享课2门，国家级特色专业建设项目5个、实验教学示范中心1个，教育部第二批虚拟教研室建设试点项目2个。2门本科课程及其课程团队获评教育部课程思政示范课程、课程思政教学名师和团队。33门课程获批省级课程思政示范课。国家级创新创业教育实践基地建设单位，3个团队获得中国国际“互联网+”大学生创新创业大赛金奖。设有6个卓越人才培养计划项目试点专业。国家级、自治区级教学成果获奖项目48项，15个项目获省部级教学成果奖。